談及西部高等院校發展面臨的瓶頸，吳德提到四個方面。一是經費投入差距大，2023年全國“雙一流”高校決算數據顯示，西部總經費僅為東部27%。二是高層次人才匱乏，區位劣勢與人才虹吸效應使西部高校深陷“引才、留才、育才”三重困境。三是學科發展滯后，“雙一流”建設高校數和“一流學科”建設點數東西部分別為3.1：1和6.6：1。四是科研創新不強，2017-2023年國家三大科技獎東部高校獲獎量是西部4.7倍，原始創新差距持續拉大。
高等教育是教育強國建設的戰略基石，西部高等教育發展事關區域協調發展和國家戰略縱深布局。吳德建議，中央財政對西部“雙一流”建設高校實施定向撥款與傾斜并行的財政政策，可探索設立“西部高教振興專項基金”，對服務鄉村振興、生態保護等戰略的院校追加激勵性撥款。
關于高層次人才匱乏的問題，吳德談到，可推行“西部人才特區計劃”，以編制傾斜破解人才瓶頸，對頂尖人才實行“東部薪酬+西部津貼”雙軌機制，建立榮譽激勵體系，對扎根西部滿40年的國家級高層次人才給予更多的榮譽激勵等。
夯實特色學科建設方面，吳德認為需立足西部資源稟賦和產業需求(如陜西空天動力、四川生物安全、云南生態文化等)，打造區域特色學科集群，加強省際高校聯盟。
吳德還建議推動東西部高校將傳統“對口支援”升級為實體化運作的“東西部協同創新聯合體”，并以西安、成都、重慶“西三角”為核心建設“西部科學城”等，通過聯合共建國家重點實驗室、共享大型儀器設備、優先支持西部高校牽頭申報重大科研項目等機制，推動實質性合作。
