很久很久以前，第一位幻影旋轉術大師使用四件幻影旋轉術黃金武器創造了幻影忍者世界;這四件武器威力無比，如果合體，更是所向披靡。大師過世后，他的兩個兒子發誓保護這些黃金武器，但是哥哥加滿都君王心中充滿了黑暗，妄圖將它們占為己有。兄弟之戰爆發了。加滿都君王戰敗，被驅逐到了地底世界。和平重歸島嶼，弟弟吳大師將這些黃金武器藏在了忍者島上的秘密之處。幾個世紀之后，吳大師找到四個勇敢的男孩 – 寇、杰、凱和贊，他訓練他們幻影旋轉術，成為黃金武器的保護者。寇、杰、凱和贊在擊敗骷髏軍團中使用忍者訓練，自然地學會了幻影旋轉術。雖然忍者成功地完成了找回黃金武器的任務，但他們落入了加滿都君王的計劃，這讓他通過黑暗國度的入口逃出了地下世界，只希望有朝一日利用操控四件武器的能力將他再次擒回。和平重歸忍者島，四個忍者發誓保護黃金武器，等待加滿都君王的到來。

自加滿都君王從地下世界失蹤后，忍者島一直處于和平中，但年輕的忍者已經變得懶惰。而加滿都君王潛伏在陰影里，等待合適的時機發動攻擊，忍者看到他的小兒子勞埃德不小心釋放了忍者島的可怕新敵人 – 毒蛇古老部落。毒蛇的領袖狂蟒派梭制定了一個邪惡的計劃，要召回傳說中的見什么吃什么的蛇吞噬魔。忍者必須審視自己的內心，才能解鎖挖掘全部潛力。忍者島的存亡岌岌可危。 忍者不僅必須要對付毒蛇，同時發現勞埃德是預言綠色忍者(注定擊敗黑暗魔王的強大忍者)時，還必須承擔起照看的職責。在整個過程中，每個忍者在自我探索中取得重大突破，使他們能夠挖掘自己的元素力量。為打敗吞噬魔，忍者不得不依靠加滿都魔王的幫助，和他可以手握全部四件黃金武器的獨特能力。最終，加滿都魔王與四件黃金武器一同離開。

加滿都魔王與所有四件武器一同離開后他控制了蛇怪。與此同時，忍者加緊訓練年輕的勞埃德，以便他變得足夠強大，可以在大決戰中打敗加滿都魔王。為了獲得邪惡力量，加滿都魔王前往黃金山峰，把所有四件黃金武器轉化成創作武器 – 超級黃金武器。他手持超級武器，加滿都君王成功復活忍者生物的"暴龍"，并令忍者的時間倒流。后勞埃德犧牲了自己的童年，用明日之茶把自己和忍者們變為大人，去面對他作為綠色忍者的命運。超級武器使加滿都君王回到過去，試圖阻止忍者的形成。在黑暗之島，加滿都魔王利用暗物質，打造終極武器"加滿特隆戰車"。黑暗之主制定了計劃，并采取控制措施。他將在大決戰面對勞埃德。當似乎在劫難逃時，勞埃德開啟了他新的力量，變身為黃金忍者。他消滅了黑暗之主，恢復了平衡。因此，加滿都血脈中的邪惡完全消失，他開始成為以前加滿都大師。

最后一戰過后，在塞勒斯·伯格的引導下，幻影忍者城變成了--新幻影忍者城!這里全是機器，而復活的黑暗之主卻再次控制了新幻影忍者城，

吳大師為了解救人們，自己卻被黑暗之主改造，變成了吳魔王，最后回復原樣。最后機器忍者--贊與黑暗之主一起滅亡。

凱、寇、杰、勞埃德接受邪惡的陳大師的邀請，來到一座島上參加擂臺賽，卻發現了陳大師的陰謀。后來找到重造的贊，并與其他元素大師的后裔們一起打敗了陳大師與他的軍隊。

詛咒魔域里的幽靈摩羅被加滿都無意釋放，逃出了詛咒魔域并控制了勞埃德，他想成為綠色忍者，同時幫助詛咒魔域詛咒十六國度，后來跟隨詛咒魔域一起滅亡。

克勞斯從詛咒魔域穿回到了忍者世界，他釋放了泰拉漢之壺中的巨靈納達克汗，納達克汗拿到了穿越水晶并找回了他的船員。巨靈世界因為詛咒魔域毀而毀，巨靈想當上巨靈世界的君王并和尼雅結婚，因為結婚后君王可以許無限個愿望，并且尼雅很像他去世的愛人狄拉拉。巨靈同時還讓忍者世界的一部分土地升上天空變成巨靈世界。后來巨靈被消滅，忍者世界恢復了平靜。

楊大師用詭計欺騙了寇，使以前反派的靈魂從往生世界回到幻影忍者城，并且去對付各個忍者，后來忍者們打敗了往生的反派，而寇也阻止了楊大師的陰謀獲得了新的肉體。

吳大師獨自前往對戰自己的老對手--時空雙子之一的狂克斯，但失敗并被其時光之拳打中加速衰老。狂克斯與其在博物館偽裝的哥哥酷克斯會和，劫走了伯格為其制造時光機甲巨蛇，并尋找時光之刃。勞埃德肩負起帶領整個團隊的使命，但最終時間雙子成功回到過去。凱和妮雅用雙元素神龍沖進時光隧道阻止他們并拯救了吳大師，但最終吳大師將凱和妮雅扔出隧道，自己和時間雙子留在隧道。

一個名叫加滿都之子的組織偷走了兩張惡魔面具還襲擊了忍者國的王宮，忍者們發現他們的目的是復活加滿都魔王，于是和王國公主晴美一起去尋找第三張惡魔面具，途中飛船墜毀，忍者們發現一個小嬰兒竟然是迷失在時空中的吳大師。同時勞埃德找到面具后發現晴美就是加滿都之子的老大沉默者。晴美復活了加滿都魔王，加滿都重創了勞埃德并剝奪了他的元素力量。隨后創造了巨石獸，毀了命運賞賜號，關鍵時刻，杰，凱，贊，寇，吳大師通過米斯塔的茶穿越到了龍之國。

忍者們被米斯塔的東西帶去了第一國度，在那里，他們被獵龍部落的獵人抓住，獵龍部落的首領鋼鐵男爵想利用忍者們取得第一代幻影旋轉術大師的盔甲。在忍者國，勞埃德等人創立了反擊部隊，與加滿都抗衡，但創建后基地被攻擊，只有勞埃德、妮雅、天樂、達雷斯、米斯塔逃出來，天樂想用自己的琥珀元素控制巨石獸，但承受不了黑暗力量中了毒。鋼鐵男爵在最后被始祖龍燒死，吳大師得到鎧甲，于是他和忍者們一起回到了忍者國，一起打敗了加滿都。

菲斯到達忍者國通知了鬼怪進攻第一國度的消息，同時鬼怪也占領了忍者城。勞埃德和加滿都試圖通過摧毀穿越水晶阻止鬼怪，但失敗了。他們得到了黃金盔甲后遍逃離了忍者城。后鬼怪首領歐米伽率大軍攻打寺院，忍者們也重鑄了黃金武器進行抵抗。最后鬼怪因幻影旋轉風暴的創造力量消失。

火之章：忍者們在幫古學家古古治探索金字塔時放出了蛇怪女巫阿斯皮爾，她奪走凱的力量并帶領她的火蛇部隊進攻忍者城，并前往博物館奪走了一個卷軸，忍者們發現她是要報吳大師囚*禁她一千年之仇，忍者兵分兩路，一隊回到寺廟防守，一隊尋找第二個禁術卷軸以抵抗阿斯皮爾，最終在忍者地下基地里贊擊敗了阿斯皮爾，但他也被她放逐。忍者隨后尾隨他去往了不歸國度。

冰之章：忍者們來到不歸國度，從冰漁者的口中得知贊被關在冰封國王的城堡里。冰武士進攻了一次村莊但失敗了。勞埃德獨自去往冰封城堡，其他忍者在雪怪克拉格的幫助下找到了旅行樹。勞埃德路上遇到了變形族的秋田，兩人發現了贊的留言并修好了泰坦機甲繼續前行。冰封國王的龍襲擊了村莊，忍者們決定尾隨冰龍尋找勞埃德，同時勞埃德被抓入冰封城堡后發現冰封國王原來就是贊。在冰武士將軍格里姆法克斯幫助下他和秋田被囚禁的哥哥卡塔魯逃脫，并與維克斯的冰武士激戰，勞埃德則潛入王座室試圖喚醒失憶的贊，但失敗了。最后維克斯說出關鍵詞“保護”讓贊恢復記憶，并將不歸國度恢復原樣。