據外媒報道，禽流感病毒陽性反應不僅出現在日本的野生鳥類和養雞場禽類中，還波及了一些動物園。已經出現感染病例的秋田市大森山動物園在正常營業時間結束前就實施閉園。名古屋市的東山動植物園也確認出現陽性病例，7日起部分區域限制入內。為阻止進一步感染，有些動物園暫停部分鳥類展示。

6日，東山動植物園飼養的一只黑天鵝測出陽性反應。7日一早園方開始噴灑消毒劑，并在入園口放置了消毒墊，避免附著在游客鞋子上的病毒擴散。飼養鳥類的部分區域停止向游客開放。

6日深夜，園方領導召開緊急記者會，呼吁冷靜應對稱“目前還不清楚，要等待確定檢查的結果。”被問及11月底開始的同一池塘內飼養的黑天鵝相繼死亡一事，園方人員低下頭表示，“這是開園以來第一次出現這樣的事。”

在大森山動物園，共計5只黑天鵝和白梟被檢出高致病性禽流感病毒(H5N6型)。11月15日首次檢出后，該園臨時閉園，提前結束原定至11月底的今年營業計劃。

鑒于各地的狀況，7日起橫濱市決定暫停“橫濱動物園”、“野毛山動物園”等市內4所市立動物園及設施內部分與雞接觸、鳥類展示等活動。